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Le module Bio::AlignIO permet de récupérer et d'analyser les séquences une à une en gardant les positions des gaps. On peut donc aussi récupérer un bloc de sous-séquences en gardant leur alignement, mais également obtenir la séquence consensuelle de cet alignement.

file.fsa

>A1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>A2/1-57
..TACCAGCGGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B1/1-55
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG....ATAGATCTGACT.
.
>C1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>C2/1-60
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B2/1-61
GAT ... Voir la suite

Il y a 4 "e" dans $phrase

=()= est ce qu'on appelle en Perl un goatse, pas toujours connu du grand public.

En fait, c'est l'usage de l'opérateur d'affectation à une liste vide qui permet d'évaluer l'expression régulière dans un contexte de liste et dont le résultat est affecté à $count. Or la valeur de retour d'une affectation de liste évaluée dans un contexte de scalaire retourne le nombre d'élément contenu dans la rvalue de cet opérateur d'affectation, donc le nombre d'élément capturé par l'expression régulière.

Si vous souhaitez transposer un fichier tabulé, c'est à dire que les lignes de votre fichier deviennent des colonnes, voici une procédure qui peut vous aider.

Le code ci-dessous permet de convertir un fichier excel 2007 (ou antérieur) en fichier txt, csv ou autre fichier plat.

Le choix du séparateur est laissé à l'utilisateur.
Si l'on on précise un répertoire, le fichier convertit sera créé dans ce dernier, sinon, il sera créé dans le même répertoire que le fichier excel.
On peut choisir de convertir toutes les feuilles ou non du fichier excel en mettant -feuilles à 1 => tout sera convertit, ou à 0 et dans ce cas, à chaque feuille une confirmation sera demandée.

Attention : Nous avons utilisé ici la méthode print {$fh} $oWkC->Value, $Separateur;

Mais cette méthode peut nous générer des erreurs inattendues :
explication documentation o ... Voir la suite

Ce code vous permettra de fusionner plusieurs classeur Excel (xls, xlsx) en un unique fichier Excel (xls). Il copie toutes les feuilles des différents classeurs dans un seul fichier. Le seul inconvénient est qu'il ne garde pas les noms des feuilles mais en génère automatiquement (feuille1, 2, 3, ...) et les formats des cellules ne sont pas conservés.

Vous aurez besoin d'installer les modules

Spreadsheet::ParseExcel
Spreadsheet::XLSX
Spreadsheet::WriteExcel

Les modules Getopt::Long et Pod::Usage sont dans le core de Perl.



Pour savoir comment lancer le programme, faites

perl nom_programme.pl -help

ou

perl nom_programme.pl -man

Pas de secret, le CPAN contient ce qu'il faut. Utilisez les modules Sys::Hostname et Socket déjà présent dans le CORE de perl.

Comme DateTime est le module préconisé, mais qu'il n'est pas disponible dans le Core, alors que POSIX l'est, il me semble que c'est une bonne alternative pour des utilisations "limitées".

Le code ci-dessous est compatible avec des machines acceptant des entiers sur 32 bits. Il utilise mktime et localtime.

Attention toutefois sur les machines 32 bits, les dates limites utilisables sont de 1904 à 2038. Pour utiliser des dates en dehors de cette plage, il faut s'en remettre aux modules spécialisés comme DateTime.

Il peut être utile de connaître le time d'une date, c'est l'inverse de time, localtime et gmtime. Cela se fait par exemple en php pour les connaisseurs via la fonction mktime. Comme d'habitude, il existe un module en Time::Local en perl déjà présent dans le CORE, donc pas besoin d'installation.

Ce module posséde deux méthodes timelocal et timegm qui renvoient le time. Il faut leur donner 6 informations sous forme de tableau ($sec,$min,$hour,$mday,$mon,$year).

Attention : $year sera bien l'année classique (avec + 1900), ex : 2007 et $mois sera compris entre 0 et 11 et non entre 1 et 12.

Nous trouver le time des dates 01/01/2000 et 05/12/2008



Vous pourrez maintenant jongler avec les tim ... Voir la suite

Vous souhaitez connaitre le nombre de jours (ou le nombre de semaines) entre deux dates, utilisez le module Date::Calc.

Exemple de script permettant de connaitre :

la date d'aujourd'hui
la date dans 6 jours
la date 48 jours avant aujourd'hui
la date 2 ans et 6 mois avant aujourd'hui
la date de demain

Voici une procédure pour générer un timestamp au format DB2 c'est à dire au format : AAAA-MM-JJ HH:mm:ss.xxxxxx où les x représentent les microsecondes.

Il arrive que l'on ait besoin de comparer 2 listes perl entre elles afin d'obtenir les données communes aux deux listes, les données présentes dans une liste mais pas dans l'autre ... Pas besoin de reinventer la roue, il existe un module sur le CPAN qui le fait très bien, c'est List::Compare. Voici un exemple de code :

Lorsque vous souhaitez appeler vos scripts perl via une console DOS ou Linux (ou Unix), vous avez souvent besoin de passer des arguments. La manière classique pour les récupérer est d'utiliser la variable @ARGV. Sachez qu'il existe un module perl nous permettant de gérer ces arguments proprement et facilement. Ce module est de plus déjà installé dans le core de perl, c'est le module en Getopt::Long. Le code à télécharger ci-dessous nous permet de taper en ligne de commande perl script.pl -name djibril -fichier "C:\repertoire\fichier.txt" -fichier "D:\repertoire\fichier2.txt" -numero 2 -v.

N.B. : Notez l'importance de protéger le chemin de vos fichiers par des guillemets, surtout s'il y a des espaces. Vo ... Voir la suite

Il peut être utile de devoir tourner un certain nombre de degrés les pages d'un PDF. Hors, tout le monde ne dispose pas d'Adobe Pro ou tout autre logiciel payant pour le faire.
Voici un programme perl qui le fera pour vous aisément. Il utilise le module PDF::API2.

Voici le mode d'emploi du programme :

• perl programme.pl -i input_pdf -o output_pdf -r 90
• perl programme.pl -i input_pdf -o output_pdf -r 45
• ...

Un environnement de développment intégré pour LaTeX, pour KDE

Interface graphique pour pdftk

DzSoft Perl Editor est un outil pour éditer et déboguer des script Perl/CGI. Il a une interface intuitive aussi bien pour les débutants que pour les développeurs confirmés. C'est un outil très simple mais aussi très puissant. Il possède des fonctionnalités de débogage, un éditeur très pratique avec une coloration syntaxique, une vérification syntaxique qui trouve les erreurs dans votre script et beaucoup d'autres fonctionnalités pour développer facilement en Perl

EPIC est un EDI open source pour Perl basé sur Eclipse, compatible avec Windows, Linux et Mac OS X. Que vous développiez des scripts CGI ou bien des gros projets Perl avec des centaines de modules, EPIC est l'EDI gratuit le plus puissant et le plus extensible.

Présentation de thierry.chich
Plein de fonctions (intégration de subversion, multilangage - php, c,etc., debugage intégré, template de module, ...). Il est aussi multiplateforme (linux, windows, mac).
Il est lourdingue et un peu lent
Il est difficile de le conseiller eclipse à un débutant je pense, ou alors il faut le former

Critique de Voir la suite

ED for Windows est un éditeur et un EDI puissant et intelligent. Que vous développiez en Assembleur, C/C++, MATLAB, Progress, PHP, Ruby, VHDL, Cobol, Fortran, Java, Perl, SQL ou un des nombreux autres langages qu'ED supporte, vous serez rapidement impressionné par ses capacités

Editeur est un éditeur de texte avec coloration syntaxique pour de nombreux langages : Java, Perl, HTML