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Folding@home dépasse les 470 petaFLOPS. Le projet recherche un anticorps thérapeutique au COVID-19
En sollicitant les ressources de calcul inutilisées des ordinateurs

Le , par Stéphane le calme

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Folding@home (aussi appelé FaH) est un projet de recherche médical dont le but est de simuler le repliement des protéines dans diverses configurations de température et de pression afin de mieux comprendre ce processus et d'en tirer des connaissances utiles qui pourraient, entre autres, permettre de fabriquer de nouveaux médicaments, notamment contre la maladie d'Alzheimer, la drépanocytose et certains types de cancers. C'est un projet de calcul réparti qui fonctionne avec la puissance de calcul non utilisée des ordinateurs, des téléphones et anciennement des PS3 de milliers de volontaires.

L'étude est effectuée par un moteur ou client, que chacun peut installer sur son ordinateur (sous Windows, Linux, Mac OS, en ligne de commande ou en mode graphique, sous forme d'un écran de veille). Ce client va effectuer les calculs sur le CPU ou le GPU de l'ordinateur (selon la formule choisie). Le code source de ce logiciel n'est pas diffusé afin de complexifier la communication de fausses molécules aux serveurs, ce qui fausserait le projet.

Chaque calcul occupe le processeur ou le GPU client quand il n'est pas utilisé. Cela ne donne donc lieu à aucun ralentissement de la machine. Chaque calcul dure de 4 à 200 heures environ, selon la configuration matérielle de l'ordinateur. Le client télécharge une nouvelle unité de travail (en anglais « WU » pour work unit) de manière automatique dès qu'il a fini de calculer la précédente. Une unité de travail définit un ensemble de paramètres pour la simulation de repliement de protéines. Les calculs eux-mêmes sont effectués par un des « cores » suivants : Tinker, Gromacs, Amber, CPMD, Sharpen, ProtoMol et Desmond.

Dans le cadre de l'épidémie de coronavirus, Folding@home a annoncé qu'une partie de ses efforts seraient dédiés à chercher un anticorps thérapeutique au coronavirus COVID-19. Le projet a pour but de rassembler les ressources de calcul des ordinateurs afin de contribuer à la recherche scientifique. L'objectif est de comprendre le fonctionnement des protéines attachées au virus en les modélisant en 3D afin d'observer comment le coronavirus SARS-CoV-2 se développe.

Pour participer au projet, rien de plus simple. Il suffit de télécharger le logiciel Folding@Home sur le site officiel. Celui-ci-ci utilise la puissance de calcul des CPU et GPU des ordinateurs de particuliers lorsqu’ils ne sont pas utilisés. Avec ce procédé, la puissance de calcul de Folding@Home a atteint 474 téraflops. À titre de comparaison, l’ordinateur Summit d'IBM, premier dans le classement TOP500, ne dispose « que » de 148 pétaflops. En réalité, Folding@Home fait même mieux que les sept premiers supercalculateurs de TOP500 réunis.

Il est donc possible de contribuer à son niveau à la recherche contre le coronavirus. D’ailleurs, Nvidia a incité sa communauté à rejoindre le programme.


C’est une belle preuve de solidarité. Face à la pandémie, les ressources de calcul ne cessent d’affluer vers le projet Folding@Home. Parmi les plus grands contributeurs figurent, évidemment, beaucoup de gamers et de mineurs de cryptomonnaie.

Les premiers résultats du projet sont d’ores et déjà visibles. Il y a une semaine, le directeur de Folding@Home a posté sur Twitter la représentation en 3D d’un « spike », cette protéine située sur la membrane du SARS-CoV-2. Elle est d’une importance primordiale, car elle permet au virus de s’accrocher aux cellules humaines et d’y injecter son ARN néfaste.


Au début du mois, dans un billet de blog, le Folding@home a appelé à un don de vos ressources informatiques pour les besoins de recherche pour traiter le coronavirus : « Vous pouvez faire don de vos ressources informatiques au FaH, où une équipe de recherche de Memorial Sloan Kettering travaille à faire progresser notre compréhension des structures des cibles médicamenteuses potentielles pour 2019-nCoV qui pourraient aider à la conception de nouvelles thérapies. Les données que vous nous aidez à générer seront rapidement et ouvertement diffusées dans le cadre d'une collaboration scientifique ouverte de plusieurs laboratoires à travers le monde, offrant aux chercheurs de nouveaux outils qui peuvent ouvrir de nouvelles opportunités pour développer des médicaments vitaux ».

L'étude de la façon dont les protéines se replient pourrait éventuellement aider les chercheurs à développer des médicaments qui pourraient traiter les infections du virus. Ce type de recherche nécessite une puissance de calcul substantielle, que le FaH génère en puisant dans les processeurs des volontaires lorsqu'ils sont inactifs.

« Pour les deux coronavirus [le 2019-nCoV actuel et le SRAS], la première étape de l'infection se produit dans les poumons, lorsqu'une protéine à la surface du virus se lie à une protéine réceptrice sur une cellule pulmonaire. Cette protéine virale est appelée la protéine de pointe. Les protéines ne stagnent pas - elles se tortillent, se plient et se déplient pour prendre de nombreuses formes. Nous devons étudier non seulement une forme de la protéine de pointe virale, mais toutes les façons dont la protéine se tortille et se replie en formes alternatives », expliquait alors le FaH sur son site.

Télécharger le logiciel Folding@Home sur le site officiel

Source : statistiques Folding@home, représentation en 3D

Et vous ?

Que pensez-vous de ce projet ?
Allez-vous y participer ?

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Avatar de SimonDecoline
Expert confirmé https://www.developpez.com
Le 25/03/2020 à 13:36
Ou sinon, vous pouvez juste aller sur le site officiel et installer le logiciel en 2 clics sans vous faire récupérer par une équipe : https://foldingathome.org/start-folding/
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Avatar de jvallois
Membre actif https://www.developpez.com
Le 25/03/2020 à 13:34
Ne pas oublier l’Alliance Francophone qui regroupe des volontaires de langue française de tout pays : https://www.alliancefrancophone.org/

Lorsque vous installez votre client Folding@Home, indiquez 51 comme numéro d’équipe et n’hésitez pas à rejoindre notre forum pour otite assistance : https://forum.alliancefrancophone.org/



Edit : Désolé pour le lien "Mathématiques" intempestif ! Voilà ce que c’est que de faire deux choses en même temps !
Je devrais peut-être suivre le conseil de "Si Bête" et aller cueillir des fraises au lieu de m’acharner à faire cours à distance...
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Avatar de Tlams
Membre confirmé https://www.developpez.com
Le 25/03/2020 à 14:10
Le code source de ce logiciel n'est pas diffusé afin de complexifier la communication de fausses molécules aux serveurs, ce qui fausserait le projet.
J'ai bloqué sur cette partie... comme on n'est pas confiant de la sécurité de notre code source, on le diffuse pas.
Quid de la sécurité de ceux qui l'installent ?
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Avatar de nThor
Candidat au Club https://www.developpez.com
Le 25/03/2020 à 15:38
Citation Envoyé par SimonDecoline Voir le message
Ou sinon, vous pouvez juste aller sur le site officiel et installer le logiciel en 2 clics sans vous faire récupérer par une équipe : https://foldingathome.org/start-folding/
On peut effectivement participer en anonyme et sans équipe si on le désire.
Mais d'expérience, je dirais que les membres sans structure ne plient que temporairement.

L'alliance francophone dont parle jvallois possède un classement interne de miniteam, la plupart étant issu de sites ou forums.
La plupart des miniteams ayant perdu le site qui leur permettait de rester en contact ont totalement perdu leurs membres.
Le fait d'être une communauté permet de créer une émulation, en plus de l'entraide qui y est proposée.

Citation Envoyé par Tlams Voir le message
J'ai bloqué sur cette partie... comme on n'est pas confiant de la sécurité de notre code source, on le diffuse pas.
Quid de la sécurité de ceux qui l'installent ?
Le code est partiellement open source github de FAH

Mais effectivement, pas totalement pour éviter les modifications du code qui risquerait de renvoyer des résultats corrompus ou de limiter la triche, certains membres pouvant être tentés de trafiquer le code pour obtenir plus de points au détriment de la qualité des résultats.
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Avatar de NaSa
Membre habitué https://www.developpez.com
Le 25/03/2020 à 16:00
Question con. Les résultats seront publiés en OpenSource ou équivalence médicale ?
Je suis partagé entre l'envie de faire avancé la recherche et celle d'engraisser un fabricant....
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Avatar de nThor
Candidat au Club https://www.developpez.com
Le 25/03/2020 à 16:32
Les résultats seront disponible au publique.

Plus d'info ici
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Avatar de tanaka59
Membre émérite https://www.developpez.com
Le 25/03/2020 à 20:29
Bonsoir,

Que pensez-vous de ce projet ?
C'est bien , original , louable. Ce qui me chiffonne c'est la manipulation du code source et du traficotage des résultats, avec les histoires de groupes

Allez-vous y participer ?
Le principe est louable. Je reste quand même assez méfiant, je veux pouvoir savoir ce que j'installe, ce que cela envoye et produit ! Si c'est un concours ou derrière il y a du truandage de donnée destinée à la science, alors je ne participerai pas
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Avatar de nThor
Candidat au Club https://www.developpez.com
Le 25/03/2020 à 23:40
Citation Envoyé par tanaka59 Voir le message
Ce qui me chiffonne c'est la manipulation du code source et du traficotage des résultats
C'est-à-dire ?
La totalité du code source n'est pas publiée justement pour éviter les magouilles.

Citation Envoyé par tanaka59 Voir le message
avec les histoires de groupes
Comme expliqué plus haut, je fais partie de l'alliance francophone, sur le forum, il y a toujours des personnes capables de donner un coup de main si besoin, et le fait d’être en équipe est à mon sens quand même beaucoup plus sympa que de plier tout seul dans son coin.
Mais si tu préfères, rien ne t’empêche de plier sans pseudo et sans numéro d'équipe (même si c'est dommage la team 51 c'est le bien ).

Citation Envoyé par tanaka59 Voir le message
Si c'est un concours ou derrière il y a du truandage de donnée destinée à la science, alors je ne participerai pas
Folding at Home a été lancé en octobre 2000, il y a plus de 20 ans par l'université de Stanford et comporte quasiment un million de participants actifs (je vais essayer de retrouver le chiffre exact), c'est un peu plus que juste "un concours".
Habituellement les projets portent sur la lutte contre le cancer, Alzheimer, Parkinson et la maladie d'Huntinhton, F@H ne vient pas d'être créé pour le Coronavirus.
Aujourd'hui les chercheurs ont simplement ajouté des travaux de recherche sur le Coronavirus, par défaut ils sont actuellement prioritaires sur les autres.

Citation Envoyé par tanaka59 Voir le message
ce que cela envoie et produit !
Si ta question est à propos du Coronavirus, il y a ça qui peut t'apporter des réponses.
Si c'est plus en général, jette un oeil à l'onglet news ou aux catégories à gauche de la page.

Si tu veux des choses peut être moins indigeste, ils viennent de lancer sur Twitter #FAHMeetTheProteins chaque jour une nouvelle protéine avec l'explication de son utilité et de qu'est-ce qu'ils espèrent en tirer en l'étudiant.
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