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Google Genomics ambitionne de sauvegarder les données sur vos génomes
à un « prix enfin raisonnable » selon l'estimation d'une chercheuse

Le , par Stéphane le calme, Chroniqueur Actualités
Cela fait déjà 18 mois que Google travaille sur Genomics, un projet qui a été officiellement lancé en mars dernier et qui a d’ailleurs vu quelques ateliers se consacrer à sa présentation lors de la conférence développeurs de Mountain View. De quoi s’agit-il ? Comme son nom l’indique, Genomics est un projet qui s’articule autour des gènes et se développe sur quatre grands axes. Le but est de permettre l’exploration interactive des variations génétiques, c’est-à-dire permettre à des chercheurs d’avoir accès à des millions de génomes « hébergés » sur son service dans le cadre de leurs études et de faire des analyses beaucoup plus facilement.

Tout d’abord il faut procéder au stockage du génome des personnes volontaires. A cet effet, Google a déjà contacté des universités mais également des hôpitaux. Pendant ces 18 mois de Recherche et Développement, les ingénieurs de Google ont mis sur pied une API telle que définie par l’Alliance Mondiale pour la génomique et la santé afin de sauvegarder les données relatives à l’ADN dans le Cloud mais également visualiser ou même comparer de nombreux brin d’ADN en entier en quelques secondes avec des requêtes de type SQL et plus encore jusqu’à la possibilité de partage des données génomiques avec son groupe de collaborateurs. Pour rappel, cette alliance qui a été constituée pour contribuer à accélérer le développement de la médecine « génomique » réunit aujourd’hui plus de 200 instituts de recherche en santé, sciences de la vie et technologies de l’information.


Pour l’instant, décoder un seul génome humain est une affaire d’au moins quelques heures, et la taille des données collectées est de l’ordre de la centaine de giga octets en données brutes. Par la suite le stockage avec Google coûte 25 dollars par an, ceci sans les calculs qui vont être faits sur les données et qui s’accompagnent également d’un coût. Cependant, une fois que les données brutes sont nettoyées, le poids de données d’un génome humain tend vers le giga octet et par se fait revient 100 fois moins cher (25 cents par an).

David Glazer, l’ingénieur Google a la tête de ce projet, a expliqué à la revue technologique du MIT que faciliter le plus possible la comparaison des génomes devient une nécessité à cause du changement dans la façon qu’ont les chercheurs dans les études de gènes. Avant les gens étudiaient un seul génome, désormais ils pourront en étudier beaucoup plus à la fois. Avec Google Genomics, ils auront l’opportunité de comparer des millions de génomes et probablement de multiplier leurs découvertes durant ce processus. « Notre chance est de trouver comment utiliser une avancée technologique pour les aider dans leur transition » a-t-il avancé.

Une aventure dans laquelle l'Institut Nationale du Cancer a décidé de s’embarquer ; l'organisation a déclaré qu'elle verserait 19 millions de dollars pour télécharger des copies de son 2,6 péta octets (1 péta octet correspond à 100 téraoctets) depuis son Atlas des Génomes du Cancer dans Google Genomics mais également dans les data center d’Amazon génomique et le centre de données d'Amazon. De plus, Google Genomics compte déjà pas moins de 3 500 génomes de projets publics.

Concernant les prix, Somalee Datta, une physicienne de Stanford, estime qu’ils « deviennent enfin raisonnables, et nous pensons qu’ils vont continuer de chuter ».

Il faut tout de même préciser qu’il sera possible aux scientifiques d’utiliser une variante de BigQuery qui a été pensé dans sa genèse pour suivre et étudier le comportement des internautes sur le web. Comme le rappelle Datta, le système de Google « peut s’adapter aux besoins de la génétique, c’est donc la bonne technologie pour un nouveau problème ». L’outil Genomics est disponible en téléchargement sur GitHub en version beta.

Télécharger l'outil Genomics (GitHub) ou télécharger le client java jar

Source : MIT Technology Review , Google Genomics

Et vous ?

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Avatar de NSKis NSKis - Membre émérite https://www.developpez.com
le 07/11/2014 à 18:59
Google vient juste d'avoir l'IDEE ULTIME: Devenir l'égal du Créateur (que chacun appelera comme il veut selon ses croyances religieuses).

Mais attention un Créateur qui va faire du CASH, de l'Oseille, du dollars!

Imaginez le futur selon Google:

1. L'ensemble de la population mondiale qui en a les moyens paye Google pour archiver son génome (c'est à dire le plan qui décrit votre petite personne, plan qui est utilisé par vos cellules pour vous regénérer). La motivation? "Bon peuple, on aura les moyens de vous soigner dans vos vieux jours grâce à des thérapies génomiques qui vont être développées dans le futur" -> Résultat: Des milliards de nouveaux clients pour Google!!!

2. Des milliards de génomes qui pourront être revendus très très cher à des multinationales qui s'en serviront pour développer de nouveaux traitements (c'est le seul point positif de l'affaire, cela rapporte du dollars à Google mais... c'est pour la bonne cause) -> Résultat: Des milliards dans les caisses

3. Dans un futur plus ou moins proche, Google pourra créer des clones de vous-même... Vendre aux riches veuves fortunées, un clone de leur mari décédé... Fournir aux armées de la chair à canon (on peut les faire exploser, c'est que des copies!!!)... Fournir aux entreprises des employés corvéables à merci -> Résultat: Des milliards dans les caisses, l'éthique et la morale aux chiottes!

L'avenir fait vraiment envie

Google va finir par rendre réel le pire roman de science fiction...

Un conseil, avant de fournir votre génome à Google, lisez bien les conditions générales (surtout ce qui est écrit en très petits)
Avatar de Theta Theta - Membre confirmé https://www.developpez.com
le 07/11/2014 à 19:00
Avec l'infrastructure de Google et la réutilisation d'algos issus de son moteur de recherche, ça peut donner un outil très puissant pour la recherche. Mais c'est payant alors qu'il existe des bases de données de séquences gratuites et sans inscription depuis des années (ncbi notament). Peut être que google proposera des services différents, mais en attendant plus d'informations je vois pas trop d'intérêts dans google genomics.

D'ailleurs j'ai pas bien compris (aucune info sur leur site), s'il s'agit d'une base de donnée de génomes humains complet uniquement où si c'est plus général avec d'autres espèces et types de séquences?
Avatar de air-dex air-dex - Membre émérite https://www.developpez.com
le 07/11/2014 à 23:56
Il y a une phrase que j'aime bien dire à propos des laboratoires Google X et c'est celle-ci : "ShinRa is coming". Plus ça va, plus Google (X) me fait penser à la ShinRa de Final Fantasy VII, à cette entreprise omnisciente qui a le droit de vie et de mort sur la Société en général. Les laboratoires Google X sont beaucoup trop opaques à mon goût. Ce serait bien de s'y intéresser voire de les démanteler avant que leurs recherches ne nous explosent à la figure.
Avatar de doublex doublex - Membre confirmé https://www.developpez.com
le 08/11/2014 à 11:04
Désolé de parler. C'est peut-être juste une connerie... ou pas.
Je suis un vieux Spock Schnoque. Ou un vieux schnoque alien vert...
Mais! Même les vieux schnoques aliens verts ont leurs qualités.

Bref.
Plus ça va, moins on apprend à mémoriser, et à utiliser NOTRE UPC, NOTRE machine à apprendre.
J'ai appris à ma marraine de 91 ans à utiliser Windows. (J'ai commencé par lui apprendre à éteindre la bécane, alors pardonnez-lui si elle ne sait pas utiliser Unix...)
MAIS. Elle est souvent de bon conseil.
ET. Elle est meilleure que moi en calcul mental. (A son époque, pas de calculette)
ET. Elle a une très bonne mémoire. (A son époque, pas de Google)

Vous savez quoi? Avant Google, on avait des bouquins. J'ai gardé mon Quid de 1991. Comme ça, si le réseau est HS, j'aurai encore plein d'informations. Même sans Google.

Autre chose. J'aime bien la SF. Allez. On va faire de la SF.
2039. On a tous nos cerveaux reliés en ligne. On a tous accès 24/7 à toute l'information du monde (Est-ce que ce n'est pas déjà le cas? Passons...) Sauf que là, c'est un plugin dans le cortex.
Imaginez un méchant. Oui. Dans les livres et les films, il y a des gentils et des méchants. Pour ceux qui ne comprennent pas, les gentils sont gentils, et les méchants sont méchants.
Bref. Il y a un méchant. Il se fait passer pour un gentil. (Voire, le méchant, c'est Skynet)
Et il accède à tous nos cerveaux. Et on est ses esclaves.
Après... Si ça vous amuse de continuer...
http://framapad.org/

Moi, je suis trop vieux pour ces conneries...
Avatar de ticNFA ticNFA - Membre confirmé https://www.developpez.com
le 09/11/2014 à 16:03
Il est scandaleux que la recherche publique n'ait semble-t-il pas les moyens ou la volonté de se passer de ces "services" privés.

Avant même les révélations de Snowden, l’immixtion du privé dans la santé a de quoi faire peur. L'empressement des géants de l'info dans ce domaine fait frémir. J'ai vu la pub sur l'Apple Watch j'ai cru que je commençais un nouvel épisode de Black Mirror.

(J'aimerais bien avoir l'avis d'UrianneJimmy qui bosse dans la bio-info me semble-t-il.)
Avatar de Saverok Saverok - Expert éminent https://www.developpez.com
le 10/11/2014 à 11:24
Je suis très partagé sur les thérapies génomiques
A la fois, c'est une formidable avancée mais les dérives possibles sont phénoménales

Je pense que les organismes d'Etat doivent se saisir le plus rapidement possible de ces sujets
Définir une éthique numérique sur l'utilisation et la manipulation de ces données et mettre en place des procédures d'audits publics
Avatar de Algo D.DN Algo D.DN - Membre éprouvé https://www.developpez.com
le 10/11/2014 à 12:45
Quand une info vient de Google je ne peux m'empécher de lire entre les lignes.

Notre chance est de trouver comment utiliser une avancée technologique pour les aider dans leur transition


Traduire par:
Notre chance c'est que nous avons les moyens qui va les contraindre dans leur transition à utiliser nos technologies...

Il faut tout de même préciser qu’il sera possible aux scientifiques d’utiliser une variante de BigQuery qui a été pensé dans sa genèse pour suivre et étudier le comportement des internautes sur le web. Comme le rappelle Datta, le système de Google « peut s’adapter aux besoins de la génétique, c’est donc la bonne technologie pour un nouveau problème ». L’outil Genomics est disponible en téléchargement sur GitHub en version beta.



Traduire par:

Notre modèle de tracking et de collecte des données utilisateurs sur le web est rentable, nous pouvons le modéliser pour répondre aux besoins de la génétique. Google peut s'adapter pour répondre aux besoins de la génétique, il suffit d'appâter, ferrer, une fois dans nos filets on fixera nos conditions et le prix.

Google, Vous n'aurez plus de secret pour nous
Avatar de Matthieu Vergne Matthieu Vergne - Expert confirmé https://www.developpez.com
le 17/11/2014 à 19:57
Citation Envoyé par ticNFA  Voir le message
Il est scandaleux que la recherche publique n'ait semble-t-il pas les moyens ou la volonté de se passer de ces "services" privés.

Avant même les révélations de Snowden, l’immixtion du privé dans la santé a de quoi faire peur. L'empressement des géants de l'info dans ce domaine fait frémir. J'ai vu la pub sur l'Apple Watch j'ai cru que je commençais un nouvel épisode de Black Mirror.

(J'aimerais bien avoir l'avis d'UrianneJimmy qui bosse dans la bio-info me semble-t-il.)

La recherche, en particulier celle usant de hautes technos, a besoin de financements. Et les financements publiques viennent de nos impôts. Si tu veux que la recherche ait plus de moyens, il faut augmenter la part pour la recherche au détriment d'autre chose (et se faire taper dessus par ceux à qui on retire ces fonds) ou augmenter les impôts (et se faire taper dessus par ceux qui payent plus). À cause de ça, la recherche peut rarement se passer de financements privés, et des biais venant avec (les privés ne financent pas la recherche, ils financent celle qui va dans leur sens).

Si tu trouves ça scandaleux, alors aide à trouver un nouveau système qui satisfasse à peu près tout le monde.
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