Mozilla veut déboguer le code des scientifiques

Un contrôle strict du code source aurait évité plusieurs conclusions inexactes des chercheurs

Mozilla veut déboguer le code des scientifiques
un contrôle strict du code source aurait évité plusieurs conclusions inexactes des chercheurs

De la biologie à l’écologie, de nombreuses disciplines scientifiques ont recours aux techniques et méthodes employées en informatique.

Les logiciels scientifiques jouent un très grand rôle dans les travaux de nombreux chercheurs. Cependant, des questions se posent : les logiciels scientifiques sont-ils robustes ? Quel degré de confiance peut-ont leur accorder ?

Ces questions peuvent certes surprendre. En 2006, Geoffrey Chang de l’institut de recherche Scripps avait dû révoquer cinq articles scientifiques écrits dans le cadre des recherches sur les structures cristallines, principalement parce que le code source du logiciel scientifique qui avait aidé dans le processus d’obtention des résultats contenait des erreurs. Ça pousse à la réflexion.

Certains scientifiques avaient noté, par exemple, que les résultats inexacts utilisés comme base pour les essais cliniques en 2007 pour le cancer auraient été découverts plus tôt si le chercheur Anil Potti de l’université de Duke en Caroline du Nord avait été contraint de publier ses données informatiques et code source.

Carl Boettiger, un expert en écologie, a d’ailleurs soulevé ce problème. Pour lui, les codes sources des logiciels scientifiques utilisés dans le cadre des travaux de recherche devraient subir des tests très stricts. D'autant que ceux-ci sont écrits par des personnes dont la programmation n’est pas le métier.

La question n’a pas manqué de créer une certaine polémique dans le milieu scientifique, certains s’opposant à la publication du code source utilisé pour les tests par les scientifiques.

Dans le but de répondre à ce besoin criant qui est ressenti dans la communauté scientifique, Mozilla Science Lab est entré dans la danse en mettant en place une cellule de vérification de code source pour les logiciels utilisés dans le domaine des sciences.

Pour sa première mission, 9 articles, tous dans le domaine de la Bio informatique, lui ont été confiés. Pour la réalisation de sa tâche, la cellule n’a pas réinventé la roue. Elle s’est uniquement servie des standards de vérification de code source utilisés couramment pour les produits commerciaux.

Theo Bloom, rédacteur en chef pour la section Biologie du journal PLoS (Public Library of Science) a apprécié l’initiative de la Mozilla science Lab. Pour lui, elle est importante, même si les examinateurs de Mozilla manquent d’expertise biologique.

Pour Roger Peng, biostatisticien à l’école de santé publique Hopkins Bloomberg à Baltimore, par contre, cette révision de code pourrait constituer un frein à la diffusion du logiciel scientifique. « L’une de mes préoccupations est que ce processus de revue de code frustrerait certains scientifiques au point de décourager certains à rendre public leur code », note celui-ci.

Source : Nature

Et vous ?

Que pensez-vous de cette initiative ? Le code source utilisé par les scientifiques doit-il passer par un contrôle strict ?