Mozilla veut déboguer le code des scientifiques
Un contrôle strict du code source aurait évité plusieurs conclusions inexactes des chercheurs

Le , par Cedric Chevalier, Expert éminent sénior
De la biologie à l’écologie, de nombreuses disciplines scientifiques ont recours aux techniques et méthodes employées en informatique.

Les logiciels scientifiques jouent un très grand rôle dans les travaux de nombreux chercheurs. Cependant, des questions se posent : les logiciels scientifiques sont-ils robustes ? Quel degré de confiance peut-ont leur accorder ?

Ces questions peuvent certes surprendre. En 2006, Geoffrey Chang de l’institut de recherche Scripps avait dû révoquer cinq articles scientifiques écrits dans le cadre des recherches sur les structures cristallines, principalement parce que le code source du logiciel scientifique qui avait aidé dans le processus d’obtention des résultats contenait des erreurs. Ça pousse à la réflexion.

Certains scientifiques avaient noté, par exemple, que les résultats inexacts utilisés comme base pour les essais cliniques en 2007 pour le cancer auraient été découverts plus tôt si le chercheur Anil Potti de l’université de Duke en Caroline du Nord avait été contraint de publier ses données informatiques et code source.

Carl Boettiger, un expert en écologie, a d’ailleurs soulevé ce problème. Pour lui, les codes sources des logiciels scientifiques utilisés dans le cadre des travaux de recherche devraient subir des tests très stricts. D'autant que ceux-ci sont écrits par des personnes dont la programmation n’est pas le métier.

La question n’a pas manqué de créer une certaine polémique dans le milieu scientifique, certains s’opposant à la publication du code source utilisé pour les tests par les scientifiques.

Dans le but de répondre à ce besoin criant qui est ressenti dans la communauté scientifique, Mozilla Science Lab est entré dans la danse en mettant en place une cellule de vérification de code source pour les logiciels utilisés dans le domaine des sciences.

Pour sa première mission, 9 articles, tous dans le domaine de la Bio informatique, lui ont été confiés. Pour la réalisation de sa tâche, la cellule n’a pas réinventé la roue. Elle s’est uniquement servie des standards de vérification de code source utilisés couramment pour les produits commerciaux.

Theo Bloom, rédacteur en chef pour la section Biologie du journal PLoS (Public Library of Science) a apprécié l’initiative de la Mozilla science Lab. Pour lui, elle est importante, même si les examinateurs de Mozilla manquent d’expertise biologique.

Pour Roger Peng, biostatisticien à l’école de santé publique Hopkins Bloomberg à Baltimore, par contre, cette révision de code pourrait constituer un frein à la diffusion du logiciel scientifique. « L’une de mes préoccupations est que ce processus de revue de code frustrerait certains scientifiques au point de décourager certains à rendre public leur code », note celui-ci.

Source : Nature

Et vous ?

Que pensez-vous de cette initiative ? Le code source utilisé par les scientifiques doit-il passer par un contrôle strict ?


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Avatar de Uranne-jimmy Uranne-jimmy - Membre expérimenté https://www.developpez.com
le 26/09/2013 à 16:49
Les codes sources passés sous contrôle : OUI, mais pas rendu public.

L'idée la plus intéressante à mon avis serait de faire un contrôle du code qui se verra recevoir un certificat comme quoi il est propre à donner des résultats justes.
Mais l'idée de dévoiler le code source d'un programme c'est une bêtise, on protège nos programmes dans nos labo, on les code, on les utilise, on les garde. Avoir ses propres programmes est un investissement que très peu serait près à céder, même pour prouver la véracité de résultats.
Avatar de Sirus64 Sirus64 - Membre éclairé https://www.developpez.com
le 26/09/2013 à 16:59
Que pensez-vous de cette initiative ? Le code source utilisé par les scientifiques doit-il passer par un contrôle strict ?
Le code source non, mais les données dénominalisées oui !
Le code source ne sert à rien car les méthodes sont décrites dans les articles scientifiques. Les données oui afin de pouvoir vérifier les résultats.

Le problème du code source c'est qu'il contient souvent bien plus que simplement le contenu de la publi. C'est vrai que ca pourrait faire gagner du temps au lieu de recoder le papier....
Avatar de niarkyzator niarkyzator - Membre confirmé https://www.developpez.com
le 26/09/2013 à 17:22
Quelque chose m'échappe Jimmy...

Le scientifique bosse pour faire avancer la science et publier ses découverte, mais il ne voudrait pas publier son code source ?

C'est comme le maçon qui fabrique des maisons gratuitement mais qui refuse de prêter ses outils. Quel intérêt le scientifique a à garder secret les sources de ses applications ?

(C'est une vrai question hein pas un troll)
Avatar de mith06 mith06 - Membre éclairé https://www.developpez.com
le 26/09/2013 à 17:23
Je trouve que c'est vraiment très hautain de la part de Mozilla. En quoi se trouvent-ils meilleurs que les autres. Comme si les logiciels qu'ils produisent ne plantaient jamais....
Avatar de vampirella vampirella - Membre éclairé https://www.developpez.com
le 26/09/2013 à 17:56
Citation Envoyé par Sirus64  Voir le message
Le code source ne sert à rien car les méthodes sont décrites dans les articles scientifiques. Les données oui afin de pouvoir vérifier les résultats.

Les deux sont nécessaires, mon capitaine. Si d'un point de vue théorique, toute implémentation se vaut, d'une point de vue pratique, il faut compter sur les faiblesses / forces de chaque langage. L'un des points noirs souvent ignorés concernent la précision et les librairies utilisées.

Citation Envoyé par mith06
Je trouve que c'est vraiment très hautain de la part de Mozilla. En quoi se trouvent-ils meilleurs que les autres. Comme si les logiciels qu'ils produisent ne plantaient jamais....

Tout bon développeur connait l'allégorie de "la tête dans le guidon du vélo" : il est souvent plus facile pour un observateur extérieur de repérer des choses que pour une personne en plein dans le projet.
Par contre, là où effectivement Mozilla ne pourra pas forcément aider, c'est l’évaluation de la pertinence du code / de l'algorithme. Cela dépend uniquement du contexte, en l'occurrence scientifique.

Edit : Pour donner mon point de vue et une comparaison, les articles de biologie décrivent bien le protocole utilisé (type de culture, nutriments, étapes, ...) pour que cela soit reproduit et validé indépendamment par d'autres scientifiques dans le monde. Pourquoi le code source ayant servi dans ce protocole serait mis à l'écart ?
Avatar de r0d r0d - Expert éminent https://www.developpez.com
le 26/09/2013 à 18:04
Ce n'est pas pour rien que les méthodes de développement intègrent diverses procédures de tests et de vérification du code. Ce n'est pas pour rien que les entreprises qui en ont les moyens mettent en place des équipes/département de test/vérification.
Tous les logiciels doivent être testés et vérifiés, pas uniquement ceux des scientifiques.
Avatar de triaguae triaguae - Membre actif https://www.developpez.com
le 26/09/2013 à 20:53
Citation Envoyé par r0d  Voir le message
Tous les logiciels doivent être testés et vérifiés, pas uniquement ceux des scientifiques.

Dans certains domaines d'activités (labo d'étalonnages et d'essais, et certainement d'autres domaines) c'est une exigence normative (ISO 17025) , mais c'est l'entreprise elle même qui doit menée sa validation et apporter la preuve que son logiciel (que ce soit une feuille de calcul ou un logiciel ) est bien apte à l'emploi prévu!

donc bonne intention de mozilla mais avec des limites....
Avatar de imikado imikado - Rédacteur https://www.developpez.com
le 26/09/2013 à 22:55
Une chose bien à mettre en place, c'est des outils d'audit de code automatique, comme sonar par exemple

Ils permettent de detecter des variables/méthodes/fonctions non utilisées, des boucles trop complexes...
Avatar de tiresias54 tiresias54 - Membre actif https://www.developpez.com
le 27/09/2013 à 8:44
Edit : Pour donner mon point de vue et une comparaison, les articles de biologie décrivent bien le protocole utilisé (type de culture, nutriments, étapes, ...) pour que cela soit reproduit et validé indépendamment par d'autres scientifiques dans le monde. Pourquoi le code source ayant servi dans ce protocole serait mis à l'écart ?

Tout à fait d'accord avec ça: à partir du moment où vous ne voulez pas publier vos données et protocoles vous n'êtes plus dans une optique de recherche scientifique mais dans une optique de commerce.
Avatar de Uranne-jimmy Uranne-jimmy - Membre expérimenté https://www.developpez.com
le 27/09/2013 à 9:13
Le scientifique bosse pour faire avancer la science et publier ses découverte, mais il ne voudrait pas publier son code source ?

C'est comme le maçon qui fabrique des maisons gratuitement mais qui refuse de prêter ses outils. Quel intérêt le scientifique a à garder secret les sources de ses applications ?

Parce que c'est des outils, justement. Est ce qu'un fabricant d'autoclave ou de lecteur de microplaque va rendre public l'intégralité des plans et des ressources logiciels créé pour aider la science ? Les méthodes qui sont créé sont relaté pour assurer la possibilité à la communauté scientifique de répéter / vérifier la véracité de certaines résultat.
En logiciel, l'intérêt sera surtout dans le traitement des données, et le fait d'avoir un logiciel permet un gain de temps, de justesse, souvent, et n'est pas fondamentalement nécessaire pour les résultats.
En fait donner un logiciel ne fera pas avancer la science mais la qualité de vie des scientifiques, et c'est donc plus optionnel. Sinon pourquoi on embaucherait des gens comme moi chargé de monter des applications si c'est pour les rendre public derrière ?
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