GenPlay : un analyseur open-source et rapide de génomes
Développé par des scientifiques et librement disponible

Le , par Hinault Romaric, Responsable .NET
Des scientifiques du collège de médecine Albert Einstein de l'université de Yeshiva de New York ont développé une application desktop d'analyse du génome (dont celui de l'humain).

Baptisée GenPlay, cette solution open-source fonctionne avec un navigateur et permet aux biologistes de rapidement et facilement analyser et traiter leurs données à haut débit.

Actuellement, les informations de l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce sont codées dans son ADN. Elles sont analysées principalement par des spécialistes de l'information plutôt que par les biologistes qui eux s'occupent plus souvent de planifier des expériences et de produire ces données.

GenPlay a été créé avec pour objectif de fournir aux biologistes un outil convivial, qui peut les aider à visualiser, analyser et transformer leurs données brutes en informations biologiques pertinentes.

« Le premier génome humain a été séquencé il y a 10 ans par un consortium international à un coût de 7 milliards de dollars » note Eric Bouhassira co-créateur de GenPlay. « Mais aujourd'hui, un génome complet peut-être séquencé pour moins de 10 000 $ et peut-être moins de 1 000 $ dans quelques années. La baisse des coûts a entraîné la création d'une avalanche de données que les biologistes ont du mal à analyser. GenPlay est destiné à rendre facile pour les biologistes la compréhension de ces données ».

GenPlay est compatible avec les trois grands types de données à savoir : les données d'études d'expressions génétiques, les données épigénétiques et les données du polymorphisme nucléotidique (SNP).

Outre le fait que GenPlay est disponible pour tout un chacun (mais combien sauront s'en servir ?), c'est surtout l'illustration de la montée en puissance des capacités de traitement et la démocratisation des outils d'analyse de grandes masses de données qu'illustrent parfaitement cette application.

Et, en plus, pour une bonne cause.

GenPlay est téléchargeable sur cette page

Son code source est disponible sur celle-ci

Source

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Avatar de gbdivers gbdivers - Inactif https://www.developpez.com
le 28/06/2011 à 19:34
Bonjour

J'ai du mal à voir ce qui rend cette application différente de tous les outils qui existent déjà pour mériter une annonce particulière
Je dirais que c'est justement la règle habituelle dans la recherche biomédicale de mettre ses applications en open-source. Voir par exemple le site du NIH (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/#tools_), le site suisse de bio-informatique (http://beta.expasy.org/proteomics) ou de bioconductor (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/) pour voir que la recherche bio-informatique est un domaine extrêmement prolifique (plusieurs nouvelles applications présenté dans la revue Biooinformatics tous les mois) et très ouverte (la plupart des projets étant open source)

En fait, c'est même gênant la multiplication des outils disponibles, on ne sait plus très bien quoi utiliser parfois...
Avatar de abriotde abriotde - Membre éclairé https://www.developpez.com
le 29/06/2011 à 10:16
Je pense que cette application à attiré l'oeil du reporter car elle porte un enjeu éthique tout particulier. En effet sachant qu'un test génétique n'est plus si cher et que l'analyse peut être faite simplement (avec un bon PC et une capacité à trouvé/installer l'application ... ) cela risque d’entraîner des dérives au moins dans deux sens. L'auto-diagnostique d'une part et le diagnostique de personnes à leur insu d'autre part.
De mon avis c'est comme partout faut il avancer au risque de trébucher ou ne pas bouger au risque de mourir de faim.
Pour ma part je pense que le risque étant là et la loi de Murphy si vrai... il y aura des abus ... que l'on apprendra à contrôler et au final c'est un plus grand bénéfice pour l'humanité. En étant open-source on offre une capacité évolutive maximal.
Avatar de DonQuiche DonQuiche - Expert confirmé https://www.developpez.com
le 29/06/2011 à 13:51
Citation Envoyé par abriotde  Voir le message
En effet sachant qu'un test génétique n'est plus si cher

Attention à ne pas tout confondre.

Visiblement, tu songes à ces sociétés qui "analysent ton code génétique" pour te sortir tout un tas de données plus ou moins pertinentes (de fiable à "grand foutage de gueule") sur les maladies auxquelles tu serais particulièrement susceptible, l'histoire de ton patrimoine génétique, le QI de ta future progéniture, les numéros du loto de la semaine prochaine, etc... C'est une forme de génotypage : on n'analyse pas ton code génétique entier, on se contente de chercher une poignée de gènes bien précis. Et, effectivement, ça ne coûte pas très cher.

En revanche, ce logiciel est destiné à l'analyse de séquences entières, obtenues via un séquençage : c'est à dire le relevé complet de tous les acides aminés d'une séquence génétique. Ce qui coûte beaucoup plus cher. Le logiciel s'adresse donc à des pros du domaine, voire à des geeks passionnés. Et même pour des amateurs, puisque peu d'entre eux auront claqué 10k€ pour un séquençage de leur génome, j'imagine qu'ils travailleront plutôt à partir de séquences publiques ou de mini-séquences.

La différence entre les génotypage et séquençage ? Grosso modo, imagine que tu possèdes un objet chaîne de caractères hermétique, n'ayant qu'une seule méthode : "contains", chargée de vérifier si cette chaîne contient la sous-chaîne spécifiée. Le génotypage est facile à réaliser : on teste contains("pierre"), contains("paul"), etc... Le séquençage, en revanche, devient extrêmement ardu : if contains("a") { if contains("aa") { if contains("aaa")...
Avatar de abriotde abriotde - Membre éclairé https://www.developpez.com
le 29/06/2011 à 14:42
Non je pensais à 10 000 euros, un séquençage complet... Sachant que cela peut-être utile pour toute une vie (sans perte de qualité). C'est le prix d'une petite voiture, c'est donc à la porté de tout français (Encore faut il vouloir y mettre ce prix). Pour l'automédication cela fait beaucoup de clients (victimes) potentiel. De plus comme le génome est invariant durant toute la vie d'un être, une entreprise pourrait le faire (pour des people pour commencer) L'amortissement se fait alors sur une dizaine de "clients" (magazines, assurances, état, centre médical, employeur...). Ce n'est certes pas encore pour demain non plus. Alors d'ici là le prix sera de 1000 euros....
Cela deviendra aussi surement obligatoire de l'avoir pour effectuer certaines démarches (opérations chirurgicales, activité très sportive...) dans un but médical.
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