Google a annoncé son partenariat avec la Broad Institute du MIT et d’Harvard dans le but de lancer en version alpha sur sa plateforme Cloud le logiciel Genome Analysis Toolkit (GATK). Développé par la Broad Institute pour aider les scientifiques à rapidement analyser les données de séquences génomiques, cette boîte à outil est décrite comme « offrant une variété d’outils, avec une attention primordiale rivée sur la découverte de variante et de génotypage ainsi qu’une emphase sur l’assurance de la qualité des données. Son architecture robuste, son puissant moteur de traitement et ses fonctionnalités de calcul hautes performances le rendent capable de gérer des projets de n’importe quelle taille ».Les données brutes du génome d'une personne peuvent occuper au moins 100 Go d’espace, ce qui signifie que le séquençage de l'ADN nécessite des quantités énorme de données. La Broad Institute possède une collection de plus de 1,4 millions d'échantillons biologiques et l'analyse de toutes ces données implique d'énormes ressources. Le partenariat avec Google peut fournir plusieurs avantages.
Cette collaboration se concentrera sur la fourniture de l'infrastructure informatique nécessaire pour stocker et traiter d'énormes ensembles de données, tout en créant et fournissant des outils pour analyser les données et en permettant des progrès de la recherche biomédicale. Google a rappelé que GATK, qui est déjà utilisé par de nombreux scientifiques hors du cadre de ce partenariat, donnera aux chercheurs l’assurance qu’ils effectuent « un traitement de leurs données selon les meilleures pratiques sans se soucier de l’infrastructure informatique ».
GATK fera partie de Google Genomics et sera disponible en tant que service sur la plateforme Google Cloud. Les chercheurs académiques seront en mesure de bénéficier de ce logiciel gratuitement, mais ils devront néanmoins payer pour utiliser Google Cloud Platform. Les entreprises intéressées devront quant à elles acquérir une licence auprès de la Broad Institute.
« Broad et Google partagent une culture de collaboration et d’accès ouvert aux données », a souligné David Glazer, Directeur de Google Genomics. « Google Genomics aide les scientifiques à rendre l’information génomique plus accessible et plus utile. En rendant disponible GATK de Broad sur la plateforme Cloud de Google, nous espérons accélérer la science ».
« Les informations génomique à grande échelle accélèrent les progrès scientifique sur le cancer, le diabète, les troubles psychiatriques, et de nombreuses autres maladies », a confirmé Eric Lander, Président Directeur de la Broad Institute. « Le stockage, l’analyse et la gestion de ces données est devenu un enjeu crucial pour les chercheurs biomédicaux. Nous sommes ravis de travailler avec des ingénieurs talentueux et expérimentés de Google pour développer des moyens de renforcer la recherche à travers le monde en facilitant l'accès et l'utilisation de l'information génomique » a-t-il continué.
Source : Broad institute, Google
