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Les algorithmes de Google exploitables dans le médical ?
Des chercheurs utilisent PageRank pour lutter contre le cancer

Le , par Hinault Romaric, Responsable .NET
Les algorithmes du moteur de recherche de Google détournés pour être exploités dans un autre domaine.

Des chercheurs allemands de l’université de Dresde ont trouvé un moyen d’utiliser l’algorithme PageRank dans le secteur médical, pour trouver de nouveaux biomarqueurs du cancer.

PageRank est l'algorithme d'analyse des liens concourant au système de classement des pages Web utilisé par le moteur Google. Il mesure quantitativement la popularité d'une page web. L’algorithme est complexe et implique de nombreux facteurs dont le plus déterminant est l’interconnectivité des pages, qui évalue l’importance d’une page Web en fonction des liens avec d’autres, ou des interactions avec des médias sociaux.

Les biomarqueurs sont des molécules produites par les cellules cancéreuses. Ils sont utilisés pour détecter la maladie chez un patient. Cependant, la découverte de ceux-ci est souvent difficile et demande beaucoup de temps.

Se basant l’algorithme PageRank, les chercheurs ont développé un algorithme similaire, capable de mesurer et de classer près de 20.000 protéines par leur pertinence génétique à la progression du cancer.

Le classement est effectué en analysant le réseau d’interactions physiques et réglementaires des protéines dans une cellule, afin de trouver celles qui ont joué un rôle important dans la progression du cancer. « Une fois que nous avons ajouté les informations du réseau dans nos analyses, nos biomarqueurs sont devenus plus reproductibles » note un chercheur.

L’algorithme développé par les chercheurs a permis de ressortir 7 protéines permettant d’évaluer de façon objective et fiable le degré d’agressivité du cancer.

Une avancée qui pourrait donc être d’une grande utilité pour la mise au point de nouveaux médicaments pour ralentir l’évolution du cancer ?

Source : ploscompbiol

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Avatar de indigo82 indigo82 - Membre à l'essai http://www.developpez.com
le 23/05/2012 à 14:15
C'est impressionnant, en fait ils ont utilisé la méthode dite du PageRank.
Si on m'avait dit un jour que les cellules cancéreuses aussi font du référencement google ...
Avatar de themadmax themadmax - Membre confirmé http://www.developpez.com
le 23/05/2012 à 17:33
Je pensai que l'algo de PageRank de google était aussi secret que la recette de CocaCola...
Avatar de psychadelic psychadelic - Membre chevronné http://www.developpez.com
le 23/05/2012 à 18:50
Donc inversement, et si j'ai bien compris, les sites biens référencés sont liés par un "système de cancer"...

gloups !
Avatar de alex_vino alex_vino - Membre émérite http://www.developpez.com
le 23/05/2012 à 23:11
Citation Envoyé par themadmax  Voir le message
Je pensai que l'algo de PageRank de google était aussi secret que la recette de CocaCola...

Moi aussi je le pensais...

A quand Google sera capable de déterminer la taille de notre sexe
Et de nous conseiller un jour spécifique pour la procréation en fonction de divers facteurs qui influencerons l santé de nos futurs enfants
Avatar de kartopheman kartopheman - Nouveau Candidat au Club http://www.developpez.com
le 24/05/2012 à 9:42
Salut a tous,
Google avait l'exclusivité de ce code jusqu'en 2011...(http://fr.wikipedia.org/wiki/PageRank). Imaginez un peu si les chercheurs avaient eu accès a ce code plus tôt....
Avatar de Grindan Grindan - Futur Membre du Club http://www.developpez.com
le 24/05/2012 à 11:33
Le code était certe exclusif jusqu'en 2011 mais le principe était connu bien avant (c'est la nature d'un brevet...)
A priori comme il s'agit d'une adaptation de la méthode du PageRank les scientifiques n'ont surement pas attendu la fin de l'exclusivité pour travailler dessus!

Si cela n'arrive seulement maintenant c'est juste qu'il a fallu que quelqu'un est l'idée d'utilisé cette méthode et chapeau à celui qui l'a eu!
Avatar de tallent_e tallent_e - Membre régulier http://www.developpez.com
le 24/05/2012 à 12:48
avec ou sans google, que les chercheurs trouvent des traitements efficaces contre le cancer!
Avatar de Traroth2 Traroth2 - Expert éminent http://www.developpez.com
le 24/05/2012 à 15:35
Citation Envoyé par themadmax  Voir le message
Je pensai que l'algo de PageRank de google était aussi secret que la recette de CocaCola...

Exactement, sachant que la recette du Coca-Cola est loin d'être secrète, en fait...

http://fr.wikipedia.org/wiki/Coca-Co...sacralis.C3.A9
Avatar de Lyche Lyche - Expert confirmé http://www.developpez.com
le 24/05/2012 à 17:00
Citation Envoyé par Traroth2  Voir le message
Exactement, sachant que la recette du Coca-Cola est loin d'être secrète, en fait...

http://fr.wikipedia.org/wiki/Coca-Co...sacralis.C3.A9

je boirais plus de coca
Avatar de Koemgun Koemgun - Membre du Club http://www.developpez.com
le 24/05/2012 à 17:39
Etant bio-informaticien sur les bords je peux ptet vous eclairer sur 2-3 choses.
Déjà quand on va lire le résumé de l'article de l'origine on voit qu'ils améliorent de 7% la prédiction avec le PageRank ce qui est bien mais pas de quoi se taper le cul par terre. Ensuite si je comprend bien ils cherchent des gènes marqueur du cancer qui serait plus exprimer que d'autres et permettrait de savoir si on à "oulala vilain cancer faut le traiter avec du cis-platine" ou "non mais lui on peut l'enlever avec un scalpel pas de soucis". C'est caricatural mais on voit l’intérêt du machin. En gros "connais ton ennemi" si on le connait mieux on saura mieux quelles armes marchent le mieux contre lui. Ensuite contrairement a l'analyse qui est faite par le rédacteur de l'article ce sont de l'expression de 20000 gène qui a été mesuré pas des protéines. Vous allez me dire je chipote. Moui vous diriez que je chipote si je confondais Code source et exécutable compilé ? L’être humain a environ 20 000 gènes connus et environ 1 millions de protéines connues. Ca fait la différence maintenant on analyse l'expression de presque tout les gènes connus dans génome d'un coup.

Bref L'une des phrases qu'il faut retenir de l'article selon moi c'est celle la :
A key feature of the method is that it judges the relevance of a gene as marker not only by its expression (or rather the correlation of its expression with survival), but also by the expression of its neighbors. Thus, it can detect and therefore avoid markers that correlate with survival simply by chance or noisy measurements, but not due to an underlying biological causality.
En résumé PageRank est capable contrairement aux autres methodes qui se basent sur la correlation pagerank juge egalement avec l'expression des gènes "voisins"
D'ou l'utilitée du PageRank.
Désolé mais ce n'etait pas très clair auparavant...
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